元胡常見病害為霜霉病、菌核病和銹病。以霜霉病分布地區較廣，危害比較嚴重。

       1、霜霉病。元胡霜霉病是由真菌門半知菌類藻狀菌所引起的一種浸染性病害。發病初期，被害葉片產生褐色小點（即病原菌孢子堆），然后逐漸擴大聯合而成不規則的褐色病斑，逐漸密布全葉。當濕度較大時在葉背生成一層灰白色的霜狀物（菌絲）。當濕度適宜時，病情發展很快，三至五天后即可使全田染病，莖葉表面變成褐色，色澤加深，似火燎過一樣，故該病俗名又叫“火燒瘟”。最后病葉腐爛干枯，植株很快死亡。元胡霜霉病孢子隨風雨傳播浸染危害，或隨帶病組織遺落于土壤中越冬，壽命可長達三、四年，故來年不能種重茬地，以免重復感染。
      【防治方法】
       ①浸種。用65%代森鋅，配制成1：350倍藥液。將選好的種子先用清水淘洗，再投入藥液中浸泡10分鐘，撈出種子稍晾即可播種。
       ②藥劑防治。選用40%乙磷鋁（又叫疫霜靈），配制成1：350～500倍（老產區因連年使用乙磷鋁，病菌孢子產生了抗藥性，故濃度適當加大到1：250～300倍；新產區可用較低濃度400-500倍），也可噴70%代森錳鋅800-1200倍液，與乙磷鋁交替使用，防治效果較好。用乙磷鋁防治元胡霜霉病是目前比較理想的藥劑，能抑制霜霉菌無性繁殖器官孢子囊的發芽和游動孢子的釋放，也能抑制疫霉菌絲的生長，對已釋放的游動孢子還具有殺傷作用，被植物吸收以后還具有雙向傳導（即向頂性和向地性），而其它藥劑如代森鋅、托布津對藻狀菌無效。漢中地區多年來的防治實踐也證明了這一點。
       ③植物殺菌劑。用麻柳樹葉、苦楝樹皮、青蒿各1公斤，加冷水15公斤，浸泡7天，取其汁液噴霧防治。特點是用藥安全，且無毒副和殘留毒性作用，不但推遲霜霉病發病時間到四月中旬，而且可以推遲回苗，提高產量。城固縣藥材公司一九八五年在董家營元胡科研點上曾用八組不同藥劑作防治霜霉病，試驗結果，用植物殺菌劑的增產效果僅次于乙磷鋁。
        2、菌核病。菌核病是真菌中的一種子囊菌引起的。菌核外表黑色，內部白色。萌發時上面可長出數個子囊盤，子囊盤中排列無數子囊，每個子囊內含有8個子囊孢子。主要危害元胡接近表土的莖葉基部，產生黃褐色或深褐色的棱形病斑。濕度較大時，莖基軟腐，植株倒伏，枝葉搭在一起，成片死亡，用手翻起一束束腐爛了的莖葉，可以看見在土表面布滿白色棉絮狀菌絲和大小不同的不規則形狀黑色鼠糞樣的菌核。由于這種病發病在元胡莖的基部呈軟腐狀，所以群眾又叫“雞窩瘟”或“搭葉爛”。此病在漢中地區過去比較少見，近年來在種植時間長的個別地方有少量發生，多系種子帶菌引起的。菌核病開始發病在三月中、下旬，到四月份蔓延較多，尤其早春多雨，地勢低洼，排水不良，種植密度過大時容易發生和感染。

【防治方法】
       ①可與禾本科作物（小麥、水稻、玉米）倒茬輪作，最好進行水旱輪作。
       ②雨后及時開溝排水，降低田間濕度，減輕發病。
       ③發現病株，及時拔除，并撒石灰。
       ④出苗前用1：1：300倍波爾多液（即1斤硫酸銅、1斤生石灰加水300斤兌制而成）噴霧防治；出苗后及危害期用多菌靈800倍液與波爾多液1：1：300倍交替防治，每7-10天防治一次，效果較好。
       3、銹病。銹病系真菌中一種擔子菌引起的病害，對元胡危害較輕。在春雨連綿，空氣濕度大，氣溫低，土壤潮濕時發生，主要危害元胡莖、葉。發病初期在葉面出現不規則的黃綠色暗斑，后期病班明顯，呈桔黃色，病斑處略凹陷。葉背病班處隆起，并著生有桔黃色凸起的膠狀物，即為其夏孢子堆，孢子堆破裂后散發出大量銹黃色粉末（即夏孢子）。除危害元胡外，也危害其它作物。
【防治方法】
      ①農業防治。采取水旱倒茬輪作，3-4年輪種一次；發現病株以后全部掏出，在坑內灌入生石灰水，使病原菌孢子窒息死亡，防止侵染。
      ②藥劑防治。三月上、中旬開始，用97%的敵銹鈉，配制成400-500倍水藥液噴霧防治；或用50%的二硝散，配制成200-250倍藥液噴霧防治，每7-10天交替用藥一次，效果較好。